L'isola presenta tracce di insediamenti umani sin dal neolitico (3500 - 2000 a.C.) attratte dalla ricchezza di ossidiana, materia principe dell'utensileria da taglio della preistoria; lo schema di tale insediamento rispecchia quello della cultura di Stentinello. La presenza di acqua favorisce lo sviluppo degli insediamenti e la nascita di attività produttive ceramiche. Tracce evidenti di commercio si rilevano già a partire dal XVI secolo a.C. Il nome Lipari, secondo Diodoro Siculo, deriva da Liparo, il re degli Ausoni che intorno al 1400 a.C. invasero l'isola, e vi costruirono una città chiamata Lipara. Questi vi rimasero fino al 1270 a.C. e il periodo rappresenta uno dei più floridi dal punto di vista commerciale data la posizione strategica sulle rotte di navigazione tra ovest ed est del Mar mediterraneo.

Originarialmente il nome era Meligunis, nome che deriverebbe dal greco "melos" che significa dolce.

Il Museo Archeologico Eoliano, sull'acropoli in via del Castello, è uno dei più interessanti in assoluto e con i suoi reperti è la testimonianza di oltre 5000 anni di civiltà dell'isola e dell'arcipelago. È uno dei più importanti del Mediterraneo e presenta in ordine cronologico esposizioni di corredi funerari, vasi, cippi, steli tombali e sarcofagi in pietra che testimoniano dell'evoluzione del culto dei defunti. Inoltre ceramiche di tipi e fogge varie, maschere teatrali e statue fittili.

Il centro storico di Lipari è dominato dal Castello posto su un promontorio; la sua costruzione risale a tempi remoti, con una torre facente parte delle fortificazioni greche del IV-III secolo a. C., con torri medioevali del secolo XIII° e cortine murarie di epoca spagnola. All'interno della cinta resti archeologici e la Cattedrale normanna del 1084 rimaneggiata in varie epoche, fino al 1861 con la facciata in stile baroccheggiante. A fianco i resti dell'Abbazia normanna.